1. 형태학적 동정: 염색을 하여 광학현미경으로 관찰하거나 전자현미경으로 관찰하는 등의 방법으로 균의 모습이나 내부의 구조를 관찰하여 균의 특징을 동정하는 방법
2.생리학적 동정:균의 기능을 나타내는 과정이나 원인을 분석하여 그 균의 특성을 통해 동정하는 방법
3.생화학적 동정: 균의 조성이나 균내의 화학반응을 밝혀내여 그 특징을 통해 동정하는 방법
4.면역학적 동정: 항원과 항체의 반응에 의해 균을 동정하는 방법
5.향을 통한 동정: 균을 배양하면서 생기는 그 균의 특징적인 향을 통해 균을 동정하는 방법으로 대표적으로 녹농균을 배양하면 배지에서 향기로운 향이 난다.
6.배지를 통한 동정: 선택배지 또는 감별배지를 통해 배양할려고 하는 균을 선택적으로 배양하여 동정하는 방법. 대표적으로 MAC agar가 대표적이다.
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